次世代定序結果判讀主要步驟包括：①基因變異註釋（ variant annotation ） ②序列比對（ alignment ） ③序列質量篩選及序列裁剪（ trimming ） ④基因變異辨認（ variant calling ），下列何種順序最適當？

本題觀念：

次世代定序（Next Generation Sequencing, NGS）資料分析的標準流程主要包含四大步驟：原始序列質量篩選與剪裁（trimming）、序列比對（alignment）、變異偵測（variant calling）、以及變異註釋（variant annotation）。這四步驟必須依序進行，才能從原始的 FASTQ 檔案最終獲得具有生物學意義與臨床可解讀性的變異資料。

選項分析

• 選項A (③①④②)
  表示先 trimming，再 annotation，再 variant calling，最後 alignment。
  錯誤點：註釋變異（annotation）必須在得到變異（variant calling）之後才做，而且比對（alignment）應該在變異偵測之前。

• 選項B (②④③①)
  表示先 alignment，再 variant calling，然後 trimming，最後 annotation。
  錯誤點：trimming 應在 alignment 之前完成，因為需先去除低品質與接頭序列，才能確保比對品質。

• 選項C (①③②④)
  表示先 annotation，再 trimming，再 alignment，最後 variant calling。

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