以序列特異性聚合酶連鎖反應（ Sequence-specific primer-PCR ）進行 HLA 分型時，下列何種引子的設計能區分出不同的等位基因？

本題觀念：

序列特異性引子聚合酶連鎖反應 (PCR-SSP) 本題核心在於考驗考生對 PCR-SSP (Sequence-Specific Primer PCR) 原理的理解，特別是引子 (Primer) 設計如何達成「特異性」區分不同 HLA 等位基因 (Allele) 的機制。

PCR-SSP 的基本原理是利用 Taq DNA 聚合酶 (Taq polymerase) 的特性：該酵素缺乏 3'→5' 的校對 (proofreading) 活性，且當引子的 3' 端與模板 DNA (template DNA) 配對不完全（有錯配，mismatch）時，聚合酶將無法有效進行延伸反應。

選項分析

• (A) 引子的 5' 端要與等位基因（ Allele ）變異性位置（ Polymorphic position ）互補：錯誤。 引子的 5' 端錯配通常不會顯著影響聚合酶的延伸效率。PCR 反應中，引子的 5' 端甚至可以加上非互補的序列（如限制酶切位或標記），仍能成功進行擴增。因此，設計在 5' 端的變異無法用來區分等位基因。

• (B) 引子的 3' 端要與等位基因（ Allele ）變異性位置（ Polymorphic position ）互補：正確。 這是 SSP-PCR 的核心

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