下列何者是以 DNA 的序列比對來進行細菌的分子分型法？

本題觀念：

細菌分子分型（bacterial molecular typing）的各種方法比較，重點在於「以 DNA 序列比對（sequence comparison）」為基礎的分型方式——即多位點序列分型法（multilocus sequence typing, MLST）。

選項分析

(A) Multilocus sequence typing（MLST） 正確，此為答案。 MLST 透過對細菌的 7 個管家基因（housekeeping genes）各約 450–500 bp 的內部片段進行 DNA 定序，並將每個位點的序列分配對偶基因編號，最後以 7 個位點的對偶基因組合定義序列型別（sequence type, ST）。其核心原理正是DNA 序列比對，並可透過線上資料庫（如 PubMLST）進行全球資料交換。

(B) Variable number tandem repeat（VNTR） 錯誤。VNTR（可變數目串聯重複序列）的分型依據是 PCR 擴增片段的大小（長度多態性），而非序列比對。技術上利用凝膠電泳或毛細管電泳判讀片段長度差異，不需要定序。

(C) Ribotyping 錯誤。Ribotyping 以限制酵素切割細菌 DNA 後，用 rRNA 基因片段作探針進行 Southern blot

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