若16S rRNA 基因定序法不能鑑別不同種（ species ）的菌種時，可⽤下列何種⽅法區別？

本題觀念：

當 16S rRNA 基因定序法無法區分親緣關係相近的菌種時，可使用多基因座序列分型法（multilocus sequence typing, MLST），透過定序多個**家管基因（housekeeping gene）**來提高分辨力。

選項分析

(A) 定序家管基因（Housekeeping gene） 正確。家管基因（如 recA, groEL, rpoB, pheS, arcC 等）編碼維持細菌基本代謝功能的蛋白，其序列在同種內保守、跨種間有足夠的多態性，因此能提供比 16S rRNA 更高的種別分辨力。MLST 通常同時定序 5-8 個家管基因片段，整合各基因的等位基因型（allele type）形成序列型（sequence type, ST），實現種內分型及種間鑑別。16S rRNA 基因的限制在於部分親緣相近菌種之間序列相似度 >99%，且其多拷貝特性也會影響定序的可靠性；而家管基因通常為單拷貝，定序更為精確。

(B) 使用 API kit、VITEK card 商業套組 不佳。這些生化套組的鑑別能力本就不如 16S rRNA 定序，若 16S rRNA 都無法區分，生化套組更難做到。且同樣依賴表現型特徵，對形態相似的親緣種鑑別力有限。

(C) 萃取質體（Plasmid）DNA 錯誤。質體

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