114年:(醫檢)檢驗(1)

將欲分析之DNA序列與核酸資料庫序列進行直接比對,下列何種BLAST程式最適宜?

Ablastn
Bblastx
Ctblastn
Dtblastx

詳細解析

本題觀念:

核心在於選擇適當的BLAST程式,以符合「查詢序列類型」與「資料庫類型」之間的配對。BLAST家族中,各子程式針對核酸(nucleotide)或胺基酸(protein)查詢,以及資料庫翻譯與否,皆有不同用途。

選項分析

  • 選項A blastn
    blastn用於將核酸(DNA/RNA)查詢序列直接比對至核酸資料庫中之序列,不涉及任何翻譯步驟,適合「DNA vs DNA」的直接比對(imgt.org)。

  • 選項B blastx
    blastx會將核酸查詢序列先在六個閱讀框(六-frame)中翻譯成胺基酸序列,然後比對至胺基酸資料庫,適用於當查詢序列可能含有未知閱讀框或需尋找蛋白質同源性時,非本題要求(imgt.org)。

  • 選項C tblastn
    tblastn將胺基酸查詢序列,與將核酸資料庫動態翻譯後的六-frame胺基酸序列做比對,適合「protein vs translated nucleotide」的場合,不符「DNA vs DNA」([pgir.rutgers.edu](https:/

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