110年:(醫檢)檢驗(2)

在以桑格定序法( Sanger sequencing )進行體細胞基因突變( somatic mutation )分析時,如果待測樣品的異質性( heterogeneity)很高的時候,下列何者需要謹慎評估?

A抽核酸的方法
B定序的引子( primer )設計
C訊號基準線( baseline )的隔斷值( cut-off value )
D環境的溫濕度

詳細解析

本題觀念:

本題考查的核心觀念是 桑格定序法(Sanger sequencing)在體細胞突變(Somatic mutation)分析中的偵測極限(Limit of Detection, LOD)數據分析判讀 的限制。

  1. 體細胞突變與異質性:與遺傳性(Germline)突變不同(通常為 50% 或 100% 的等位基因頻率),體細胞突變發生在腫瘤組織中。由於腫瘤組織通常具有 高度異質性(Heterogeneity),意即檢體中混雜了正常細胞與腫瘤細胞(Tumor purity 問題),或是腫瘤細胞本身有多個不同基因型的亞克隆(Subclones),導致突變的等位基因頻率(Variant Allele Frequency, VAF)往往很低(可能低於 20% 甚至 5-10%)。
  2. 桑格定序的限制:傳統桑格定序被視為黃金標準,但其對低頻率突變的靈敏度有限。一般來說,突變比例需達到 15% ~ 20% 以上,才能在定序圖譜(Electropherogram)中形成肉眼或軟體可明確判讀的次要波峰(Minor peak)。
  3. 訊號與雜訊:當異質性很高(突變比例很低)時,突變點的訊號波峰會非常微弱,高度可能接近背景雜訊(Background noise)。此時,如何設定 **訊號基準線(Baseline

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