醫檢師 - 定序電泳與表觀分析

以次世代定序（ next-generation sequencing, NGS ）技術進行腫瘤基因突變檢測時，擴增過程常造成定序錯誤；下列何種方式可以最有效降低定序錯誤率？

關於變性梯度膠體電泳法（ denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE ），下列敘述何者正確？

關於次世代定序及傳統桑格定序的方法之敘述，下列何者最正確？

基因註解（ annotation ）是次世代定序結果判讀中重要的一環，下列何者為進行基因註解的主要目的？

如圖為genomic DNA 經過bisulfite conversion 後，利用圖中所示探針進行 MethyLight 分析所得之擴增曲線，下列敘述何者最不適當？ [圖片]

下列何種情況最不適合使用次世代定序技術來進行檢測？

在人類基因體中，針對單一核苷酸多型性（SNP）的敘述，下列何者最不適當？

美國分子病理學會（Association for Molecular Pathology, AMP）在2017年公布"巨量平行定序（massive parallel sequencing）"在臨床應用的守則，讓臨床工作人員因此有所依據，該守則中沒有針對下列那一項進行規範？

關於chemical cleavage of mismatch duplexes（CCM）技術，下列敘述何者最正確？

下列何者方法最適合鑑定未知細菌抗藥性基因的變異？

關於可逆性中斷子定序法（reversible terminator-based sequencing）的敘述，下列何者最正確？

DNA經重亞硫酸鈉處理，再轉換為鹼性環境後，未甲基化的胞嘧啶會轉換為何？

建構NGS文庫時，將DNA片段接上index或是bar code之最重要的目的為何？

利用解離曲線分析法（melting curve analysis）進行單一核苷酸多型性（single nucleotide polymorphism, SNP）的檢測；下圖中的何種曲線是C/T異型合子（heterozygote）樣本的檢驗結果？ [圖片]

下列何種高通量基因定序平台，在文庫建構（library construction）之後，不需要用到聚合酶連鎖反應（polymerase chain reaction, PCR）大量增幅（amplification）？

有關化學切割錯誤的鹼基（chemical cleavage of mismatch duplexes, CCM）檢驗方法，下列敘述何者最不適當？

下列那種甲基化分析方法的靈敏度最低？

已知有兩個單一核苷酸多型性（single nucleotide polymorphism, SNP）位點相距約 5 個核苷酸，下列那個檢測技術，最能夠簡易分辨此兩個多型性位點位於同一條染色體（順式／cis）或不同條染色體（反式／trans）上？

由全轉錄體定序（whole transcriptome sequencing）產出用於敘述各個基因產物豐度的 fragments per kilobase of transcript per million mapped reads（FPKM）值，最不會受到下列那個因子的影響？

NPM1基因的變異常出現在血液腫瘤中，其中最常見的是在第十二外顯子（exon 12）有4 bp的插入（insertion）突變。假設野生型的序列 GCTATTCAAGATCTCTG▼GCAGTGGAGGAAGTCTCTT ，▼表示突變插入處。若以傳統的聚合酶連鎖反應配合桑格定序（Sanger sequencing），則最有可能有插入突變的定序圖為何？

下圖為次世代定序產出的序列比對結果，此為正股序列；若箭號處為發生基因變異的位點，則此位點產生了那種突變？ [圖片]

承上題【下圖為次世代定序產出的序列比對結果，此為正股序列；若箭號處為發生基因變異的位點，則此位點產生了那種突變】，此基因變異的mutant allele frequency約是多少？ [圖片]

如圖所示為利用 DNA 甲基化晶片進行實驗分析的結果，下列敘述何者最正確？ [圖片]

承上題【如圖所示為利用 DNA 甲基化晶片進行實驗分析的結果，下列敘述何者最正確？】，根據上圖，測試樣本的 DNA甲基化結果，下列何者最正確？ [圖片]

以次世代定序（next-generation sequencing, NGS）進行實體腫瘤組織樣本突變檢測，並用桑格定序法（Sanger sequencing）進行確認；結果如圖所示：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ是四個單一核苷酸變異（single nucleotide variation,SNV）位點，下列那一個變異位點最有可能是種系突變（germline mutation）？ [圖片]

承上題【以次世代定序（next-generation sequencing, NGS）進行實體腫瘤組織樣本突變檢測，並用桑格定序法（Sanger sequencing）進行確認；結果如圖所示：Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ是四個單一核苷酸變異（single nucleotide variation,SNV）位點，下列那一個變異位點最有可能是種系突變（germline mutation）？】，臨床檢驗實務上，如果

核酸定序後，欲進行序列比對，下列何者為最適合的工具？

關於 Sanger sequencing 的敘述，下列何者最不適當？

關於目前臨床上較常使用的兩個次世代定序平台的敘述，下列何者最不適當？

下列何者最適用於發現 DNA 具有未知的點突變（ point mutation ）或短小的鹼基對插入／刪除（ small insertion/ deletion）？

下列何種藥品可以將胞嘧啶（ cytosine ）間接轉變成尿嘧啶（ uracil ），以分析 CpG 位點的甲基化狀態？

下列那些方法可用來篩檢 A 型血友病的基因變異？①單股結構多型性分析（ SSCP ） ②變性梯度膠體電泳分析（DGGE） ③高解析度熔點分析（ HRM ）

進行次世代定序的主要步驟包括：① PCR 增幅 ②定序 ③結果分析 ④文庫建構，下列何種順序最適當？

針對單分子即時定序（ single molecule real-time sequencing, SMRT ）的敘述，下列何者最正確？

關於偵測 single nucleotide polymorphism （ SNP ）的方法，下列何種技術是以 nondenaturing polyacrylamide electrophoresis分析？ ①單股結構多型性分析（ Single-strand conformation polymorphism analysis ） ②雙去氧核糖核酸指紋分析（ Dideoxy DNA finge

下列何種定序原理不被應用在次世代定序？