109年:(醫檢)檢驗(2)

固態腫瘤樣本常同時包含腫瘤部分( tumor part )及相鄰非腫瘤部分 (adjacent non-tumor part );下列何種分子檢驗方法最容易因為非腫瘤部分的干擾而難以檢測出腫瘤基因突變?

A次世代定序法( Next-generation sequencing, NGS )
BScorpions ARMS( Amplification Refractory Mutation System )法
C數位化聚合酶連鎖反應( digital PCR )
D桑格定序法( Sanger sequencing )

詳細解析

本題觀念:

固態腫瘤分子檢測的敏感度限制——非腫瘤細胞(正常細胞)干擾對突變偵測的影響

固態腫瘤樣本並非純腫瘤細胞,而是含有腫瘤細胞與周圍正常組織(基質細胞、血管、免疫細胞等)的混合物。各種突變偵測方法的分析敏感度(analytical sensitivity),即能偵測出最低突變等位基因頻率(variant allele frequency, VAF)的能力,決定了其受非腫瘤細胞干擾的程度。

選項分析

(A) 次世代定序法(Next-generation sequencing, NGS) NGS 能偵測約 2–6% VAF(標準方法),某些誤差校正增強型 NGS 可低至 0.1% VAF。面對非腫瘤組織混入時,NGS 對低頻突變的偵測能力明顯優於 Sanger。✅ 受干擾程度中等,但仍能偵測低頻突變

(B) Scorpions ARMS(Amplification Refractory Mutation System)法 ARMS 利用設計特殊的等位基因特異性引子(allele-specific primer),只擴增含突變序列的 DNA。其分析敏感度約為 1% VAF,明顯優於 Sanger 定序。✅ 受干擾程度較低,敏感度高

(C) 數位化聚合酶連鎖反應(digital PCR, dPCR) dPCR 將 DNA 分配

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