下列何種方法常被用來檢測染色體 X-inactivation ？

本題觀念：

X 染色體去活化（X-inactivation）的偵測原理：利用 X 染色體去活化區域的 DNA 甲基化（methylation）差異來判斷哪一條 X 染色體被去活化。最常用的方法是甲基化特異性 PCR（methylation-specific PCR, MS-PCR），尤其是基於 HUMARA 基因的 HUMARA assay。

選項分析

(A) Southern hybridization Southern blot 雖然可以結合甲基化敏感性限制酶（如 HpaII）來分析 X 染色體去活化，且歷史上確實被使用，但它操作繁瑣、耗時、需要較多 DNA 量，現已逐漸被 PCR-based 方法取代，不是「常被用來」的現行主流方法。

(B) SNP array SNP array 可以廣泛偵測基因組的等位基因甲基化差異，但它的設計用途是基因組範圍的拷貝數變異（CNV）和多態性分析，並非針對性偵測 X 染色體去活化的常規工具。

(C) DNA sequencing DNA 定序可以分析序列變異，但單純的定序不能區分甲基化與未甲基化的 CpG 位點（需要搭配重亞硫酸鹽轉換 bisulfite sequencing 才能）。且本題問「常被用來」的方法，一般 DNA sequencing 不是 X-inactivation 的標準偵測

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